Les experts sollicités par l’Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail) pour établir un rapport d’expertise collective baptisé « Antibiorésistance et environnement - État et causes possibles de la contamination des milieux en France" viennent d’en publier une synthèse dans la revue Environment International. Dans ce travail, ils établissent les mécanismes qui sous-tendent l'émergence et la persistance de la résistance aux antibiotiques dans l'environnement. Pour cela ils se fondent sur une approche multisectorielle One Health («Une seule santé») utilisée pour décrire le principe selon lequel santés humaine, animale et environnementales sont liées entre elles. Aussi, ils se focalisent en priorité sur les espèces bactériennes résistantes pathogènes, dont les pathogènes opportunistes. Les principales sources d’émission d’antibiotiques, de bactéries résistantes aux antibiotiques (BRA) et de gènes résistant aux antibiotiques (GRA) considérées étaient les eaux usées, les produits résiduaires organiques (PRO) dont les effluents d'élevage et les déchets fécaux des animaux, les boues issues du traitement des eaux usées urbaines et les eaux de pisciculture d’eau douce.
Quels sont les principaux risques ?
Leur travail a permis de dresser un inventaire de la contamination des milieux aquatiques et terrestres par les antibiotiques et des souches antibiorésistantes. Les antibiotiques les plus fréquemment retrouvés dans ces différents milieux sont les quinolones, les fluoroquinolones, les macrolides et les sulfamides, qui sont persistants dans l'environnement. Les β-lactames elles, sont rarement retrouvées dans l'environnement car facilement dégradées.
Les effluents des stations d'épuration ont été identifiés comme la principale source de contamination sur le territoire français, l'épandage de déchets organiques constituant une contamination plus diffuse et accidentelle des milieux aquatiques.
Les données sur certains compartiments environnementaux manquent concernant les gènes résistant aux antibiotiques et les bactéries résistantes aux antibiotiques, même s’ils sont retrouvés globalement dans tous les milieux terrestres et aquatiques soumis à une pression anthropique. Les fluoroquinolones et le triméthoprime sont apparus comme étant respectivement liés à un risque élevé et moyen de favoriser la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les eaux usées traitées et dans les rivières. Les autres antibiotiques pour lesquels des données existent sont associés à un risque plus faible.
Mieux suivre pour mieux prédire et agir
Tout au long de leurs travaux, les experts ont souligné le manque de données et de stratégies d'échantillonnage adaptées à un suivi systématisé et de qualité du risque de contamination environnemental. Ils proposent donc dans ce document d'harmoniser les méthodes d'échantillonnage et d'analyse et une liste d'indicateurs permettant de piloter le suivi de l’antibiorésistance et de la contamination environnementale. Ils proposent ainsi d’utiliser cinq catégories d’antibiotiques à surveiller prioritairement dans l'environnement aquatique : fluoroquinolones (ciprofloxacine), triméthoprime, sulfamides (sulfaméthoxazole, sulfaméthazine), tétracyclines (tétracycline) et aminoglycosides (gentamicine). Ils suggèrent aussi d’utiliser les schémas de développement d’antibiorésistance de bactéries pathogènes ubiquitaires capables de vivre dans l'environnement et chez l'homme (Klebsiella pneumoniae, Stenotrophomonas maltophilia, Aeromonas hydrophila...). Enfin, ils proposent de suivre la dissémination spatiale et temporelle des antibiotiques, des bactéries résistantes aux antibiotiques et des gènes résistant aux antibiotiques dans des milieux distincts pour évaluer la variabilité dans le temps de leurs concentrations dans les différents milieux. La quantification des E. coli résistantes aux céphalosporines de 3e génération ou produisant des BLSE (bétalactamases à spectre élargi) pourrait être utilisée comme indicateurs de suivi.
Quels sont les principaux risques ?
Leur travail a permis de dresser un inventaire de la contamination des milieux aquatiques et terrestres par les antibiotiques et des souches antibiorésistantes. Les antibiotiques les plus fréquemment retrouvés dans ces différents milieux sont les quinolones, les fluoroquinolones, les macrolides et les sulfamides, qui sont persistants dans l'environnement. Les β-lactames elles, sont rarement retrouvées dans l'environnement car facilement dégradées.
Les effluents des stations d'épuration ont été identifiés comme la principale source de contamination sur le territoire français, l'épandage de déchets organiques constituant une contamination plus diffuse et accidentelle des milieux aquatiques.
Les données sur certains compartiments environnementaux manquent concernant les gènes résistant aux antibiotiques et les bactéries résistantes aux antibiotiques, même s’ils sont retrouvés globalement dans tous les milieux terrestres et aquatiques soumis à une pression anthropique. Les fluoroquinolones et le triméthoprime sont apparus comme étant respectivement liés à un risque élevé et moyen de favoriser la sélection de bactéries résistantes aux antibiotiques dans les eaux usées traitées et dans les rivières. Les autres antibiotiques pour lesquels des données existent sont associés à un risque plus faible.
Mieux suivre pour mieux prédire et agir
Tout au long de leurs travaux, les experts ont souligné le manque de données et de stratégies d'échantillonnage adaptées à un suivi systématisé et de qualité du risque de contamination environnemental. Ils proposent donc dans ce document d'harmoniser les méthodes d'échantillonnage et d'analyse et une liste d'indicateurs permettant de piloter le suivi de l’antibiorésistance et de la contamination environnementale. Ils proposent ainsi d’utiliser cinq catégories d’antibiotiques à surveiller prioritairement dans l'environnement aquatique : fluoroquinolones (ciprofloxacine), triméthoprime, sulfamides (sulfaméthoxazole, sulfaméthazine), tétracyclines (tétracycline) et aminoglycosides (gentamicine). Ils suggèrent aussi d’utiliser les schémas de développement d’antibiorésistance de bactéries pathogènes ubiquitaires capables de vivre dans l'environnement et chez l'homme (Klebsiella pneumoniae, Stenotrophomonas maltophilia, Aeromonas hydrophila...). Enfin, ils proposent de suivre la dissémination spatiale et temporelle des antibiotiques, des bactéries résistantes aux antibiotiques et des gènes résistant aux antibiotiques dans des milieux distincts pour évaluer la variabilité dans le temps de leurs concentrations dans les différents milieux. La quantification des E. coli résistantes aux céphalosporines de 3e génération ou produisant des BLSE (bétalactamases à spectre élargi) pourrait être utilisée comme indicateurs de suivi.